Оскільки Tomato Brown Rugose Fruit Virus заражає рослини помідорів і перцю по всьому світу, насіннєві компанії працюють над виведенням стійких помідорів.
Багаті генетичні та геномні ресурси були доступні селекціонерам томатів ще до початку проектів геномного секвенування томатів. Великі колекції зародкової плазми томатів давно створені в кількох місцях. Понад 75,000 XNUMX зразків томатів зберігаються в генних банках по всьому світу. Одним із найбільших є генбанк USDA в Женеві, штат Нью-Йорк.
Секвенування генома помідорів було розпочато в 2005 році як багатонаціональне зусилля 14 країн і завершено в 2012 році. Ці зусилля були значно прискорені завдяки застосуванню штучного інтелекту, машинного навчання та вдосконалених алгоритмів для аналізу великої кількості генетичних і фенотипових даних.
Пангеном помідорів
Дослідники з Інституту Бойса Томпсона у 2020 році створили високоякісний еталонний геном для диких помідорів, щоб створити більш повний і корисний пангеном помідорів. Вони виявили ділянки геному, які лежать в основі смаку, розміру та дозрівання фруктів, стресостійкості та стійкості до хвороб. Частково завдяки передовим технологіям секвенування, які можуть зчитувати дуже довгі фрагменти ДНК, еталонний геном є більш повним і точним, ніж існуюча база даних.
Старіші технології секвенування, які зчитують коротші фрагменти ДНК, ідентифікують мутації на рівні однієї основи. Однак вони не вміють знаходити структурні варіанти, такі як вставки, делеції, інверсії або дублювання великих фрагментів ДНК.
У 2019 році міжнародна група дослідників створила пангеном помідорів, використовуючи послідовності геномів 725 філогенетично та географічно репрезентативних сортів. Ця база даних містить 4,873 гени, яких немає в оригінальному еталонному геномі. Аналіз наявних/відсутніх варіацій виявив суттєву втрату генів та інтенсивний негативний відбір генів і промоторів під час одомашнення та вдосконалення томатів.
Прочитайте повну статтю на www.seedworld.com.